Microsporidien werden als Pilze betrachtet. Ausschliesslich intrazelluläre Vermehrung. Mehr als 100 Gattungen bekannt, wovon die meisten tierpathogen sind. Die humanpathogene Bedeutung wurde erst mit dem Auftreten von AIDS erkannt. Wichtiger Erreger opportunistischer Infektionen auch bei Patienten mit anderen zellulären Immundefekten.
Beim Menschen bisher Vertreter von 6 Gattungen beobachtet: Encephalitozoon, Enterocytozoon, Nosema, Pleistophora, Trachipleistophora, Vittaforma sowie “Microsporidium“, ein Kollektiv, welches die bisher nicht klassifizierten Microsporidien umfasst.
Häufigste klinische Manifestation ist die chronische Diarrhoe. Disseminierte Infektionen sind beschrieben, und betreffen die Augen (Keratokonjunktivitis), Atemwege (Sinusitis, Bronchitis, Pneumonie), Harnwege (Urethritis, Zystitis, Nephritis), Leber (Hepatitis), Skelettmuskulatur (Myositis) und Zentralnervensystem (Enzephalitis).
Infektionsquellen und Übertragungsweg noch weitgehend unklar. Da Ausscheidung von infektiösen Sporen via Exkrete und Sekrete, sind infizierte Patienten mögliche Infektionsquellen. Direkt fäkal-orale Transmission, evt. auch indirekte über Wasser als Vehikel sind naheliegend, aerogene und sexuelle werden diskutiert. Sporen sehr klein (1-3 µm), darum war früher der Nachweis nur elektronenmikroskopisch möglich. Seit Verwendung der Chromotrop-Färbung kann die Untersuchung lichtmikroskopisch erfolgen, verlangt aber erfahrenen Untersucher.
Die PCR ist eine rasche, hochempfindliche und äusserst spezifische Alternative. Optimales Material ist Nativstuhl.