Lange als Parasit betrachtet, heute eindeutig dem Reich der Pilze zugeordnet. Verursacht eine interstitielle, Pneumonie. Nach dem 2. Weltkrieg häufige Infektion bei Früh- und Neugeborenen sowie unterernährten Kindern. Risikogruppen heute sind altersunabhängig Patienten unter immunsupprimierender Medikation (Kortikosteroide, Zytostatika), mit Immunmangelsyndrom, Organtransplantierte. Mit dem Auftreten von AIDS wurde schliesslich Pneumocystis jirovecii zu einem der häufigsten Erreger von opportunistischen Infektionen. Auch im Zeitalter der Pneumocystis-Chemoprophylaxe bei HIV-Infizierten bleibt die Pneumocystis Pneumonie (PcP) eine wichtige Infektion. Im fortgeschrittenen Stadium auch extrapulmonal lokalisierte Infektionen (Ohr, Auge, Lymphknoten, ZNS etc.). Übertragung aerogen, Mensch als Infektionsquelle gesichert. Über Habitate in der Umwelt oder im Tierreich herrscht Unklarheit.
Klassische Labordiagnose erfolgt mikroskopisch in respiratorischen Proben mit Spezialfärbungen oder Antigennachweis mit Fluoreszenzmikroskopie. Die Empfindlichkeit ist von der Art der Probe abhängig: Biopsie >BAL >induziertes Sputum >Sputum. Die PCR hat eine gegenüber dem am meisten verwendeten Test mit monoklonalen, Fluorochrom markierten Antikörpern eine höhere Empfindlichkeit, die auch die Untersuchung von nicht invasiv gewonnenen und keimarmen Proben erlaubt. Die analytische Spezifität liegt bei >99%.