Als anerkanntes diagnostisches Verfahren wird die Breitspektrum-PCR mit Sequenzidentifizierung in spezialisierten Laboratorien als Instrument verwendet, um eine bakterielle Infektion zu diagnostizieren. Diese Methode wird insbesondere zum Nachweis von Erregern bei fehlendem Wachstum in der Kultur und bestehendem Verdacht auf eine monobakterielle Infektion.
Durch die Polymerase Kettenreaktion und Primer, die gegen konservierte Regionen der 16S rRNA Gene gerichtet sind, wird in einem ersten Schritt unspezifisch bakterielle DNA aus der klinischen Probe vervielfältigt. Bei einem positiven Resultat wird das PCR-Produkt sequenziert. Die erhaltene Sequenz wird anschliessend mit einer grossen Anzahl bakterieller Sequenzen bekannter Spezies verglichen, die in Datenbanken abgelegt sind. Aufgrund dieser Analyse kann die bakterielle DNA-Sequenz einer bestimmten Bakteriengruppe oder Spezies zugeordnet werden.
Diese Untersuchung erlaubt daher den schnellen Nachweis von anspruchsvollen und nicht kultivierbaren Bakterien. Darüber hinaus kann mit diesem Ansatz unspezifisch nach Bakterien irgendwelcher Art gesucht werden, wobei nur monobakterielle Infektionen erfasst werden können. Die bakterielle Breitspektrum-PCR schliesst zwar den grössten Teil des Bakterienreiches ein, sie ist jedoch gegenüber speziesspezifischen PCR-Tests weniger sensitiv.
Die Methode ist aufwendig durchzuführen, weil Reagenzien zur DNA-Extraktion und PCR auf Kontaminationen verschiedener Herkunft zu kontrollieren sind.
Wir empfehlen nur Patientenmaterialien aus primär sterilen Körperregionen oder tiefen Wunden zu untersuchen. Die Probe muss in einem sterilen Röhrchen eingesendet werden.
